Comment procéder dans des scénarios spécifiques pour convertir des listages de séquences de ST.25 à ST.26 ?
1- Quel qualificateur mol_type utiliser pour annoter un ADNc selon la norme ST.26 ?
Exemple : un ADNc d'Homo sapiens est divulgué dans une demande initiale avec un listage de séquences selon la norme ST.25. Comment le convertir à la norme ST.26 ?
En règle générale, lors de la conversion, s'il n'existe pas de qualificateur ou de valeur de qualificateur directement équivalent(e) dans la norme ST.26 pour une annotation donnée, il convient d'utiliser un qualificateur plus général ou une valeur plus générale avec un qualificateur "note" où le texte du listage de séquences conforme à la norme ST.25 sera ajouté pour éviter que l'étendue de la divulgation ne soit modifiée. Cela est expliqué en détail à l'annexe VII de la norme ST.26 de l'OMPI.
S'agissant du cas spécifique des ADNc, ils sont créés in vitro (par transcription inverse d'un ARNm), et n'apparaissent pas naturellement parce que les séquences d'ADNc "n'existent pas à l'état naturel". Il s'agit de séquences créées artificiellement. Il est donc recommandé de les annoter en donnant la valeur "synthetic construct" au qualificateur "organism" et "other DNA" au qualificateur "mol_type". Il convient également d'ajouter un qualificateur "note" pour indiquer que l'ADNc a été obtenu à partir d'une séquence d'Homo sapiens et ainsi éviter d'élargir l'étendue au-delà de celle de la demande initiale.
Feature key : source
Qualifiers : /organism=synthetic construct
/mol_type=other DNA
/note=Homo sapiens cDNA
L'autre solution, moins préférable, consisterait à attribuer la valeur "unassigned DNA" au qualificateur "mol_type" et la valeur "Homo sapiens" au qualificateur "organism". Dans ce cas, il faut ajouter un qualificateur "note" pour indiquer que la molécule est de l'ADNc ("cDNA") et éviter d'élargir l'étendue au-delà de celle de la demande initiale.
Feature key : source
Qualifiers : /organism=Homo sapiens
/mol_type=unassigned DNA
/note=cDNA
Les deux solutions répondent aux exigences de l'article 76(1) CBE. La première est préférable parce que les ADNc sont des molécules créées artificiellement.
2- Comment annoter les molécules miARN ou siARN selon la norme ST.26 ?
Le premier point à prendre en considération pour choisir entre la valeur "other RNA" (molécule synthétique) ou "unassigned RNA" (molécule existant à l'état naturel) du qualificateur "mol_type" pour la clé de caractérisation "source" est de savoir si la molécule est créée artificiellement ou si elle existe à l'état naturel.
Si la séquence est synthétique, il convient d'ajouter le type spécifique de molécule (ex. : "siRNA") dans le qualificateur "note".
Si la séquence existe à l'état naturel, la clé de caractérisation "ncRNA" avec le qualificateur obligatoire "ncRNA_class" devra être utilisée également. La valeur de ce qualificateur doit être sélectionnée dans la liste prédéfinie (ex. : "miRNA" ou "siRNA"). Si l'ARN court qui est divulgué dans la demande initiale ne figure pas dans cette liste, il convient de sélectionner la valeur "other" et de l'ajouter dans un qualificateur "note".
Exemple 1 : miARN existant à l'état naturel
Feature key : source
Qualifiers : /organism=Homo sapiens
/mol_type=transcribed RNA
Feature key : ncRNA
Qualifier : /ncRNA_class=miRNA
Exemple 2 : siARN synthétique
Feature key : source
Qualifiers : /organism=synthetic construct
/mol_type=other RNA
/note=siRNA
3- Comment convertir un listage de séquences comprenant des résidus Xaa ou n, établi conformément à la norme ST.25, en un listage de séquences conforme à la norme ST.26 ?
Dans la norme ST.25, il était obligatoire d'annoter les résidus n ou Xaa. Il est à noter que la norme ST.26 donne une définition par défaut des résidus X ou n non annotés (voir l'annexe I de la norme ST.26 de l'OMPI, sections 1 et 2). Cela signifie que dans la norme ST.26, les résidus n ou X ne doivent être annotés que s'ils sont utilisés selon une signification différente de leur signification par défaut.
La conversion d'un listage de séquences comprenant des résidus Xaa est expliquée en détail à l'annexe VII de la norme ST.26 de l'OMPI. Les mêmes considérations s'appliquent à un listage de séquences comprenant des résidus n.
Si le logiciel WIPO Sequence est utilisé pour convertir un listage de séquences établi selon la norme ST.25 en un listage de séquences selon la norme ST.26, les annotations indiquées dans le champ <223> sont copiées dans une note, dans le listage de séquences selon la norme ST.26, pour éviter une perte d'information. Le demandeur devra copier ces informations dans le qualificateur approprié selon la norme ST.26. Si cela n'est pas fait, le listage de séquences peut répondre aux exigences de l'article 76(1) CBE (pour autant que toutes les informations provenant du listage de séquences établi selon la norme ST.25 aient été copiées dans le listage de séquences établi selon la norme ST.26) mais il ne sera pas conforme à la norme ST26.
4- Lorsque les résidus individuels d'une séquence hybride ADN/ARN ne sont pas (tous) clairement définis comme ADN ou ARN dans un listage de séquences établi selon la norme ST.25, comment convertir la séquence hybride ADN/ARN au format ST.26 ?
Dans les cas où ni la description ni le listage de séquences précédent ne contiennent d'informations sur l'emplacement de chaque segment d'ADN ou d'ARN, il est possible de représenter la molécule mixte comme suit:
La formulation utilisée dans le listage de séquences établi selon la norme ST.25, par exemple : ici "mixed DNA/RNA molecule", devra être copiée dans un qualificateur "note" associé à "misc_feature".
Exemple : la séquence selon la norme ST.25 cccccccccccuggggggggggggg
annotée comme étant une molécule mixte ADN/ARN, longue de 25 nucléotides, le nucléotide se trouvant à la position 12 est un nucléotide d'ARN "u", les autres nucléotides ne sont pas précisés.
Séquence dans le listage de séquence ST.26:
ccccccccccctggggggggggggg
Feature key : source, position 1..25
Qualifiers : /organism=synthetic construct
/mol_type=other DNA
Feature key : misc_feature, position 1..11
Qualifier : /note=mixed DNA/RNA molecule
Feature key : misc_feature, position 12
Qualifier : /note= RNA
Feature key : misc_feature, position 13..25
Qualifier : /note=mixed DNA/RNA molecule
5- Comment convertir un listage de séquences établi selon la norme ST.25 et comprenant des séquences courtes, au format ST.26 ?
La norme ST.26 n'accepte pas les séquences courtes (moins de quatre acides aminés spécifiquement définis ou de 10 nucléotides spécifiquement définis) dans les listages de séquences. Les séquences courtes doivent être remplacées par des codes signifiant leur omission. Si le logiciel WIPO Sequence est utilisé pour convertir le listage de séquences établi selon la norme ST.25 en un listage de séquences selon la norme ST.26, ce remplacement est fait automatiquement.
Pour éviter de perdre des éléments, il est indispensable de vérifier soigneusement quelles séquences sont omises et donc supprimées (même si les numéros SEQ ID sont conservés), de veiller à ce que ces séquences omises/supprimées soient divulguées dans la description de la demande et, si nécessaire, de les ajouter à la description.